W jaki sposób postąpić w sytuacji, gdy organ podatkowy odmawia wydania interpretacji indywidualnej?

Spółka z o.o. wystąpiła do KIS z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej ustalenia kosztów uzyskania przychodów w związku z planem zbycia nieruchomości gruntowej wniesionej aportem w 2000 r. do spółki na pokrycie udziałów w podwyższonym kapitale zakładowym. W opisie zdarzenia przyszłego spółka precyzyjnie opisała czynności związane wówczas z wniesieniem nieruchomości, w tym m.in. wskazała, że łączna wartość nieruchomości gruntowych wnoszonych aportem do spółki, ustalona przez biegłych rzeczoznawców, jako rynkowa była o 1000 zł niższa niż wartość nominalna utworzonych przez spółkę udziałów. Wskazano też, że wszystkie udziały w podwyższonym kapitale zostały objęte przez wspólnika wnoszącego aport, po wartości nominalnej. W rzeczywistości różnica 1000 złbyła znikomym procentem wartości wnoszonego aportu, a spółka de facto zaokrągliła wartość aportu i dlatego przyjęła, że udziały zostały objęte za ich wartość nominalną. Tej informacji o zaokrągleniu we wniosku nie zawarto. Dyrektor KIS odmówił wszczęcia postępowania w sprawie wydania interpretacji, uzasadniając w postanowieniu, że z opisu sprawy wynika, że wnioskodawca wydał udziały za aport, którego wartość była niższa od wartości nominalnej udziałów oraz, że taka sytuacja nie mogła mieć miejsca w świetle art. 154 par. 3 k.s.h. Wskazano dodatkowo, że organ nie może "legitymizować", poprzez wydanie interpretacji indywidualnej, niezgodnych z prawem działań spółki, jakie miały miejsce przy podwyższeniu jej kapitału zakładowego. Trzeba też dodać, że podwyższenie kapitału spółki w oparciu o uchwałę i ww. aport zostało oczywiście zarejestrowane w KRS.

Jak w tej sytuacji spółka, której zależy na pilnym otrzymaniu interpretacji indywidualnej, powinna się zachować?

Czy z ostrożności procesowej, niezależnie od uzupełnienia opisu zdarzenia przyszłego o informację o zaokrągleniu (skorygowaniu) wartości aportu do kwoty równej wartości nominalnej udziałów, dodatkowo wnieść teraz gotówką 1000 zł na pokrycie tego braku?