W jaki sposób opodatkować sprzedaż nieruchomości mieszkalnej wykorzystywanej w działalności gospodarczej?

We wrześniu 2002 r. podatnik nabył nieruchomość, dom mieszkalny, za który zapłacił 50% wartości z 200.000 zł. Pozostałą kwotę, tj. 100 000,00 zł, miał zapłacić do dnia 31 grudnia 2002 r. Nie zapłacił. W 2005 r. żona (rozdzielność majątkowa, prowadzi działalność gospodarczą) na skutek ugody z wierzycielem, sprzedawcą nieruchomości, zapłaciła 80% (80.000 zł) zaległości nabywając nieruchomość. Zakup nastąpił od osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej. Budynek ten został wpisany do ewidencji środków trwałych. W okresie od 2009 r. do 2010 r. zostały poniesione nakłady związane z przystosowaniem części budynku do prowadzonej działalności w wysokości 300.000 zł (VAT został odliczony, nakłady zwiększały wartość środka trwałego). W lutym 2011 r. została zamknięta działalność gospodarcza (upadłość osoby fizycznej). W remanencie likwidacyjny został wykazany ww. budynek i naliczono należny VAT, wykazując go w deklaracji. W 2016 r. podatniczka zamierza sprzedać za ok 600.000 zł, jako osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej.

Czy należy zapłacić podatek dochodowy od transakcji sprzedaży, jeżeli tak to od jakiej kwoty?