Kto powinien wystawić dokumenty korygujące w przypadku połączenia spółek?

Spółka A pobierała opłaty za wykorzystanie znaku towarowego na podstawie zawartej umowy z której wynikało, iż wielkość tych opłat stanowi określony procent od obrotu towarami produkowanymi z logo tego znaku towarowego. Udziały w spółce A w 100% stanowiły własność spółki B, która korzystała ze znaku towarowego. W związku z dokonywanymi transakcjami spółka A obciążała spółkę B należnościami podlegającymi VAT, rozliczając podatek należny za poszczególne miesiące. Transakcje miały miejsce w latach 2014- 2016. Organ kontroli (w odniesieniu do roku 2014) zakwestionował przedmiotowe transakcje, argumentując, iż miały one wyłącznie cel podatkowy. Stwierdził iż spółka nie ma prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. W najbliższych dniach spółka A połączy się ze spółką B (poprzez przejęcie spółki A przez B).

Problem prawny sprowadza się do rozstrzygnięcia kwestii:

1. Czy w przypadku uznania ustaleń organu kontroli możliwe jest wystawienie faktur korygujących wskazanych wyżej należności i czy skutecznie usunięte zostanie zagrożenie z art. 108 ustawy z 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług - dalej u.p.t.u. u wystawcy?

2. Kto mógłby wystawić dokumenty korygujące?

Jeżeli przyjąć, że spółka B będzie następcą prawnym spółki A, zatem przysługiwać jej będą wszystkie prawa i obowiązki także w sferze publicznoprawnej - byłaby również uprawniona do skorygowania faktur sprzedaży. Sama jest jednak nabywcą usługi. Istnieje więc wątpliwość czy korygowanie faktury odniesie skutek prawny w postaci pomniejszenia podatku należnego u wystawcy i pomniejszenia podatku naliczonego u odbiorcy w sytuacji, kiedy wystawcą i odbiorcą jest ten sam podmiot. Faktury korygujące mogłaby wystawić jeszcze spółka A (przed przejęciem), ale rozliczenia będzie i tak musiała dokonać spółka B: faktury nie będą zatem wystawione przez ten sam podmiot jednak rozliczeń VAT dokona już jedna spółka po połączeniu.