Jak przedawnia się przenoszenie nadwyżki VAT naliczonego nad należnym?

Spółka z o.o. prowadziła działalność gospodarczą - dokonując zakupu i sprzedaży towarów i usług - do listopada 2009 r. i od deklaracji VAT-7 za listopad 2009 r. stale przenosiła kwotę podatku naliczonego nad należnym nie dokonując zakupów i sprzedaży towarów. Nadwyżka VAT naliczonego nad należnym wynikała ze sprzedaży usług budowlanych wg stawki 8% i zakupu materiałów w wysokości 22% VAT. W styczniu 2016 r. Spółka zdecydowała się wykazać zwrot przenoszonych kwot w terminie 180 dni. Pomimo okazania organom podatkowym dowodów zakupu i sprzedaży towarów mających wpływ na wykazany zwrot (faktur z 2009 r.), zarówno Naczelnik US, jak i Dyrektor IS kwestionują prawo do zwrotu powołując się na przedawnienie, choć nie chcą jednoznacznie wskazać jak powinny wyglądać zapisy na deklaracji VAT za styczeń 2016 r.

Czy w tej sytuacji organ I instancji nie powinien wydać decyzji o przedawnieniu zwrotu VAT, czy też prawa do przeniesienia VAT za miesiąc, w którym to prawo wg organu się przedawniło (organy twierdzą, że był to grudzień 2014 r.), gdyż właśnie od tego czasu wg organów podatkowych Spółka nie miała prawa do korzystania z nadwyżki VAT?

Czy organy postępują słusznie kwestionując zwrot VAT w tej sytuacji i czy faktycznie doszło do przedawnienia prawa do odliczenia VAT, przeniesienia na następne miesiące i w ostateczności prawa do zwrotu podatku?

Czy orzecznictwo w tej sytuacji przemawia na korzyść fiskusa?