Jak organ podatkowy powinien prowadzić postępowanie w sytuacji zaginięcia dokumentów dotyczących sprawy opisanej w pytaniu?

Pracownik prowadził sprawę sporną podatkową. Po odejściu z pracy nie przekazał sprawy ani dokumentacji innym pracownikom. Po półrocznej przerwie podatnik sam zgłosił się z zapytaniem dlaczego postępowanie nie jest dalej prowadzone. Okazało się, że ostatnie pismo z miesięcznym przedłużeniem terminu dostał w lutym br. (sam zgłosił się w sierpniu). Po poszukiwaniach okazało się, że zaginęła cała teczka z dokumentacją - zarówno składaną przez podatnika jak i korespondencją wychodzącą z urzędu. Podatnik na prośbę dostarczył ponownie dokumenty potrzebne do opodatkowania. Sprawa jest sporna, na pewno będzie potrzebny biegły do pomiarów terenu, a na wystawioną decyzję podatnik złoży odwołanie.

Co powinien zrobić w tej sytuacji organ podatkowy, nie posiadając wcześniejszych dokumentów? Czy kontynuować postępowanie na podstawie materiałów przedstawionych przez podatnika, czy zakończyć stare postępowanie i wszcząć nowe od początku?