Jak należy rozumieć przepis o prawie wniesienia zastrzeżeń do protokołu z badania ksiąg podatkowych przez stronę (art.193 §8 o.p.)?

Podczas postępowania podatkowego prowadzonego u rolnika w zakresie VAT za 2012 r. - 2014 r. organ podatkowy sporządził protokół z badania ksiąg, w którym zakwestionował podatek naliczony wynikający z zakupów usług oraz w sposób szacunkowy zakwestionował prawo do odliczenia VAT z faktur na media (prąd,woda,śmieci). Obrót i podatek VAT należny pozostał bez zmian w stosunku do deklaracji podatkowych. Jednocześnie organ pouczył o prawie wniesienia zastrzeżeń do protokołu, co też strona uczyniła zarzucając m.in. szacunkowe ustalenie podstawy opodatkowania bez powołania podstaw prawnych. W wyniku odwołania od decyzji organu I instancji Dyrektor Izby Skarbowej zauważył, że nie doszło do szacowania podstawy opodatkowania, gdyż w przypadku VAT podstawą opodatkowania jest obrót, a ten nie został podważony. I tutaj, poniekąd organ II instancji ma rację, jednakże przepis art.193 par.8 OP mówi o prawie strony do wniesienia zastrzeżeń do protokołu i przedstawienia jednocześnie dowodów, które umożliwią organowi podatkowemu prawidłowe określenie podstawy opodatkowania.

Skoro więc organ stoi na ww. stanowisku - czy przepis art.193 par. 8 OP nie koliduje z definicją pojęcia ksiąg podatkowych i art. 29 ustawy o VAT, a tym samym nie powinien w tej kwestii mieć zastosowanie art. 2a OP?

Wszak jeden przepis przyznaje stronie wniesienie zastrzeżeń do protokołu (art.193 par. 8 OP) i wskazanie podstawy opodatkowania, zaś drugi -w przypadku zakwestionowania jedynie podatku naliczonego- nakazuje sporządzenie protokołu z badania ksiąg (art.193 par.6 OP) i jednocześnie definiuje pojęcie podstawy opodatkowania (art. 29 VAT), która w takim protokole nie została zakwestionowana. Wydaje się, że w takim przypadku art. 193 par.8 OP jest przepisem "pustym". Poza tym organ w ww. sprawie przesłał protokół z badania ksiąg, z którego wynika, że został sporządzony przez pracownika Urzędu Skarbowego o nazwisku X, natomiast został on podpisany przez przełożonego ww. pracownika. Czy taka praktyka jest dopuszczalna?