Czy wartość amortyzacji może stanowić koszt uzyskania przychodu, użytkownik wieczysty nie jest wpisany do księgi wieczystej?

Spółka we wrześniu 2007 r. nabyła w ramach zakupu zorganizowanej części przedsiębiorstwa prawo wieczystego użytkowania gruntów z posadowionymi na nich budynkami. Modernizowała i ulepszała nieruchomości do końca kwietnia. Ujęła nieruchomości w ewidencji środków trwałych w maju 2008 a od czerwca dokonywała odpisów amortyzacyjnych. W grudniu 2009 r. została rozwiązana umowa w zakresie odnoszącym się do zobowiązania do przeniesienia prawa wieczystego użytkowania nieruchomości gruntowej wraz z prawem własności posadowionych na niej budynków. Obecnie dowiedzieliśmy się, że w grudniu 2007 r. sąd odmówił nam wpisu do księgi wieczystej jako właściciela. Spółka, od której nabyliśmy prawo wraz z budynkami wystawiła nam fakturę korygująca dotyczącą sprzedaży powyższej nieruchomości wraz z prawem.

Czy różnica jaka powstanie pomiędzy kwotą faktury a wartością netto w naszych księgach może być zaliczona do przychodów i opodatkowana? Czy wartość amortyzacji za cały okres prowadzenia działalności może stanowić koszt uzyskania przychodu, jeżeli jest brak wpisu do księgi wieczystej? Czy nie ma przeszkód i zagrożenia podatkowego w zaliczeniu amortyzacji do kosztów uzyskania przychodu?