Czy spółka powinna odliczać podatek częściowo od zakupów towarów i usług, które dotyczą zarówno wykonywanych przez spółkę czynności opodatkowanych, jak i zwolnionych od podatku VAT?

Podmiot XYZ jest spółką prawa handlowego, czynnym podatkiem VAT. Podstawowym przedmiotem działalności spółki jest opracowywanie i wprowadzenie na rynek nowej generacji ogniw fotowoltaicznych na bazie perowskitów. Spółka zakupuje pakiety medyczne od znanego na rynku podmiotu świadczącego profesjonalne usługi medyczne – medycyna pracy i inne. Zasadniczo przekazywanie pakietów medycznych pracownikom ma z reguły na celu zaspokojenie potrzeb osobistych tych pracowników. W cyklach miesięcznych za wykonane usługi otrzymuje fakturę ze stawką "ZW". Spółka oferuje swoim pracownikom ten pakiet medyczny za symboliczna złotówkę, a dla innych osób np. partnera pracownika za pełną odpłatność – bez marży. Spółka na część przypadającą na osoby inne niż pracownicy wystawia fakturę sprzedaży ZW w okresach miesięcznych, natomiast na część niefakturowaną odpowiadającą wartości pakietów przekazanych pracowników wystawia fakturę wewnętrzną ze stawką ZW. Powiązanie zakupów z czynnościami zwolnionymi (tj. niedającymi prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego) jest proste, bowiem zakupy, jakie należy przyporządkować w tej sytuacji czynnościom zwolnionym (tj. świadczeniu usług medycznych na rzecz pracowników), to właściwie zakup usług medycznych od centrum medycznego. Zastanawiające jest jednak kwestia ustalenia proporcji oraz zakresu zakupywanych usług, dla których spółka zachowuje prawo do pełnego odliczenia. Podejście, w którym wszystkie inne zakupy są na zasadzie proporcji wydaje się mocno ostrożnościowe i konserwatywne, z drugiej strony uznanie, że wszystkie inne zakupy i usługi poza zakupem usług medycznych to pełne odliczenie w 100% może budzić kontrowersje. W jaki sposób należałoby taka analizę przeprowadzić? Czy uznanie, że proporcja bazowa w odniesieniu do pozostałych zakupów nie ma zastosowania jest poprawne?