Czy spółka, która złożyła wniosek o zaliczenie nadpłaty VAT za lipiec na poczet zaległości podatkowej z maja, może ponieść negatywne konsekwencje podatkowe z tego tytułu?

Spółka z o.o. złożyła korektę deklaracji VAT-7 za maj 2018, w której powstała zaległość podatkowa. Jednocześnie bieżąca deklaracja VAT-7 za lipiec 2018 wykazuje kwotę VAT do zwrotu. Spółka złożyła w dniu wysłania obu deklaracji pismo do urzędu skarbowego o zaliczenie nadwyżki z lipca 2018 w VAT na poczet zaległości z odsetkami za maj 2018. Pod jaką datą wygaśnie zobowiązanie z tytułu niedopłaty za maj 2018 - chodzi o uniknięcie ewentualnych konsekwencji z kks? Czy będzie to data złożenia wniosku do urzędu skarbowego - tak do tej pory przyjmowała spółka. Jednakże zgodnie z wyrokiem NSA z 7 grudnia 2016 r., sygn. akt II FSK 3211/14 powstaje wątpliwość czy takie postępowanie jest prawidłowe i czy w spółce nie powstaje ryzyko podatkowe. Zwrot wykazany jest na 60 dni. Spółka zakłada, że zwrot jest/będzie zasadny. Jednakże na pewno zostaną przeprowadzone czynności sprawdzające np. z zakresu zakupu środków trwałych.

Czy w związku z tym lepszym wyjściem jest po prostu zapłata zobowiązania i czekanie na całość zwrotu za lipiec? Czy spółce przysługują obniżone odsetki od zaległości podatkowej? Kwota zaległości to około 8 tys. zł.