Czy spółce przysługuje prawo do odliczenia VAT?

Spółka A w 2005 r. nabyła nieruchomość i wydzierżawiała ją spółce B przez okres ok. 5 ostatnich lat. W międzyczasie - do 2012 r. spółka A dwukrotnie podniosła jej wartość poprzez ulepszenie. Jedna i druga spółka są podatnikami VAT. Spółka A sprzedała tą nieruchomość spółce B we wrześniu 2016 r., obciążając ją VAT 23%, albowiem w dniu sprzedaży spółka B wystawiła fakturę na zwrot nakładów inwestycyjnych (wysokość nakładów strony ustaliły według wartości rynkowej) ponoszonych również przez spółkę B na tą nieruchomość od ok. 2010 r., które to wydatki przekroczyły 50% wartości zmodernizowanej wcześniej nieruchomości. Wysokość tych nakładów miała wpływ na wartość wyceny nieruchomości, gdyż bez żadnych wątpliwości bez tych nakładów wartość nieruchomości byłaby zdecydowanie niższa. Spółka A odliczyła sobie VAT naliczony wynikający z ww. faktury nabycia nakładów. W tych okolicznościach, zdaniem spółki, po raz kolejny doszło do pierwszego zasiedlenia. Jeden i drugi podmiot wykazał transakcję w deklaracjach VAT i jeden z nich zapłacił podatek, a drugi oczekuje na jego zwrot. W wyniku kontroli w spółce B zakwestionowano zastosowaną przy sprzedaży nieruchomości stawkę VAT 23% i stwierdzono, że transakcja winna być zwolniona z podatku, gdyż zwrot nakładów inwestycyjnych jest jedynie rozliczeniem finansowym pomiędzy stronami transakcji. W Spółce A z kolei nie przeprowadzono kontroli.

W związku z opisanym stanem nabywca nieruchomości chciałbym wiedzieć, czy w tych okolicznościach organ podatkowy postąpił słusznie, czy też spółce B przysługuje prawo do odliczenia VAT?