Co powinien zrobić organ, jeżeli po sporządzeniu protokołu badania ksiąg uzyskano dowody wskazujące na nieujęcie w księgach dowodów dokumentujących przychody?

Organ podatkowy w protokole z kontroli podatkowej sporządził protokół z badania ksiąg. Następnie, w wyniku prowadzonego postępowania podatkowego organ włączył i jednocześnie wyłączył z akt sprawy dodatkowe dowody dokumentujące przychody, nie sporządził "nowego" protokołu z badania ksiąg obejmującego ww. dodatkowe dowody i wydał decyzję, która określała znacznie większą kwotę podatku jak w protokole z kontroli.

Czy w takiej sytuacji organ miał obowiązek ponownie sporządzić protokół z badania ksiąg obejmujący nowe dowody po stronie przychodów skutkujące korektą podstawy opodatkowania, czy też – pomimo dodatkowych dowodów - wystarczającym jest protokół z badania ksiąg ujęty w protokole z kontroli?

Czy dopuszczalne jest określanie podstawy opodatkowania w wysokości innej niż wynikająca z ksiąg, bez uprzedniego stwierdzenia nierzetelności lub istotnej wadliwości ksiąg podatkowych (a w konsekwencji odrzucenia ich jako dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów) w kwestionowanym przez organ podatkowy obszarze?

Czy może istnieć taka sytuacja, by stwierdzenie nierzetelności lub istotnej wadliwości ksiąg w protokole z badania ksiąg było węższe lub stanowiło inny zakres, niż przyjęta w decyzji korekta podstawy opodatkowania?

Czy jeżeli byłby sporządzony protokół z badania ksiąg, to powinien być podpisany przez pracowników, którzy sporządzili ten protokół jako osoby biorące udział w czynności urzędowej (art.173 § 2 ordynacji podatkowej), czy też mógłby go podpisać kierownik działu, bądź naczelnik urzędu?