W którym miesiącu mamy rozpoznać VAT należny i naliczony?

Jako firma budowlana, która jest czynnym podatnikiem VAT, na podstawie umowy otrzymamy fakturę w 10.2017 r. (w związku z odbiorem inwestorskim) za 3% wartości robót umownych wykonanych w 12.2016 r. przez tego podwykonawcę (czynny podatnik VAT). Podwykonawca nie może wcześniej wystawić faktury, bo zgodnie z umową może to zrobić dopiero po naszym odbiorze przez Inwestora. Faktura oczywiści z klauzulą odwrotne obciążenie. Gdyby się jednak okazało, że inwestor będzie miał zastrzeżenia co do jakości robót wykonanych przez naszego podwykonawcę, to nie będzie on mógł jednak zafakturować części wskazanej kwoty, a w skrajnym przypadku gdyby na ten moment nie miał mocy przerobowych, żeby wykonać poprawki, będziemy zmuszeni wybrać inną firmę (wykonawcę zastępczego). Ale jeśli nie będzie zastrzeżeń inwestora, to podwykonawca zafakturuje 3% z wartości umownej. W którym miesiącu mamy rozpoznać VAT należny i naliczony? Czy ujęcie podatku należnego i naliczonego w niewłaściwym miesiącu będzie może spowodować konsekwencje podatkowe (jakie)? Czy rozpoznanie VAT-u należnego i naliczonego w niewłaściwym momencie i zakwestionowaniu takiej sytuacji przez urząd skarbowy po dwóch latach może spowodować, że VAT naliczony odliczymy dopiero po kontroli podatkowej, a za dwa lata zapłacimy odsetki za zwłokę?