W jaki sposób wyliczyć nadgodziny, których wypłata została nakazana w związku z kontrolą PIP?

Zatrudniamy 80 osób. W 2010 roku firma wprowadziła zapis do regulaminu pracy: "Pracownikom, których dobowy wymiar czasu pracy wynosi co najmniej 6 godzin, przysługuje 30-minutowa przerwa, wliczana do czasu pracy"(tj. 15 minut kodeksowe + 15 minut, o które był wydłużony czas pracy). Pracownicy podpisywali się na listach obecności, że pracowali w godzinach od 8 do 16.15. W sierpniu 2017 r. odbyła się kontrola PIP, który nakazał wypłacić nadgodziny za 15 minut przepracowane każdego dnia. Za jaki okres musimy wypłacić nadgodziny? Czy będą to 50-tki czy 100-tki? Czy należą się także odsetki od tych niewypłaconych nadgodzin? Pracownicy w umowie mają płacę zasadniczą w wysokości mniejszej niż minimalne wynagrodzenie. W poprzednich latach też tak było. Co miesiąc otrzymują premie uznaniową, włącznie z którą zostaje im wypłacane wynagrodzenie wyższe niż minimalne.

Jaka podstawę należy przyjąć do naliczenia nadgodzin? Wynagrodzenie minimalne obowiązujące w danym roku? Czy do podstawy należy przyjąć wynagrodzenie włącznie z premią w pełnej wysokości?