W jaki sposób rozliczyć niedobory stwierdzone w trakcie inwentaryzacji?

W trakcie rocznej inwentaryzacji komisja stwierdziła istotne braki. Nie udało się ustalić ich przyczyny. Komisja sądzi, że materiał do produkcji mógł zostać skradziony (był on składowany na słabo zabezpieczonym placu). W ciągu roku na teren zakładu miało miejsce kilka włamań. Wówczas oględziny majątku nie sugerowały znaczących strat. Obecnie brakami obciążono właściciela firmy - osobę fizyczną. Nie wystawiono jednak faktury, nie naliczono w związku z tym VAT, ani podatku dochodowego. Na wartość niedoborów wystawiono notę księgową (zaksięgowano jako rozrachunek - zobowiązanie właściciela wobec firmy).

Czy takie rozliczenie jest prawidłowe? Jeśli nie to jak rozliczyć takie braki?