W jaki sposób obciążyć wynajmującego kosztami remontu?

Spółka wynajmuje hale produkcyjna od osoby fizycznej nie będącej podatnikiem podatku VAT. Zostało zawarte porozumienie na mocy którego Wynajmujący wyraża zgodę na wykonanie przez Najemcę prac remontowych. Wynajmujący pokryje koszty wykonania przez najemcę ww. prac wynikających z faktury VAT za ich wykonanie lecz do kwoty nie wyższej niż 2000 netto. Swój obowiązek w powyższym zakresie Wynajmujący wykona wyłącznie poprzez obniżenie Najemcy płatności wynagrodzenia za najem który wynosi 5000 zł miesięcznie Spółka zleciła wykonanie prac firmie zewnętrznej otrzymując fakturę VAT na kwotę 1230 zl brutto (VAT 230 zl) i chce obciążyć wynajmującego kosztami.

W jaki sposób może tego dokonać? Czy refakturując kwotę 1230 zł brutto a może 1000 zł brutto a następnie dokonać kompensaty? Czy też wynajmujący powinien wystawić fakturę na 4000 zł (5000 miesięczny czynsz- 1000 netto - kwota remontu)?