W jaki sposób należy dokonać konwersji wypłaconych kwot w ramach umowy o współpracy na wynagrodzenie ze stosunku pracy, w przypadku stwierdzenia przez sąd istnienia stosunku pracy?

Firma podpisała z osobą prowadzącą działalność umowę o współpracy na zarządzanie działem handlowym. Współpraca trwała od maja 2001 r. do lipca 2003 r. Osoba wykonująca umowę rozwiązała ją i wniosła do Sądu pozew o uznanie wykonywanych czynności jako stosunek pracy. Sąd orzekł, że miało miejsce świadczenie pracy w ramach stosunku pracy. Przez cały okres współpracy firma otrzymywała faktury VAT za wykonanie usług zarządzania działem handlowym, zwrot kosztów dojazdu do klientów, zwrot kosztów naprawy samochodu.

W jaki sposób należy dokonać konwersji wypłaconych kwot w ramach umowy o współpracy na wynagrodzenie ze stosunku pracy? Czy brać pod uwagę wszystkie wypłacone kwoty, bo np. w ramach stosunku pracy za dojazdy do klienta przysługiwałoby rozliczenie wyjazdu służbowego? Czy prawidłowo jest potraktować kwotę netto z faktury VAT za usługi jako kwotę wynagrodzenia brutto, którą należy potraktować jako podstawę do składek ZUS i podatku dochodowego od osób fizycznych - PIT-4? W jaki sposób dokonać potrącenia składek na ubezpieczenia społeczne należne od pracownika oraz czy za uznany za stosunek pracy okres należy wypłacić ekwiwalent za urlop, czy też nastąpiło już przedawnienie roszczenia?