W jaki sposób i w jakiej dacie należy ująć w VAT nienależnie wypłaconą refundację?

Apteka rozlicza się podatkiem liniowym, prowadzi pełne księgi. W ramach kontroli z NFZ w 2023 r. wystawiono na nią noty obciążeniowe w związku z nienależnie wypłaconą refundacją (rok 2021) oraz noty za kary finansowe. Apteka księguję refundacje w taki sposób, że niewypłacona refundacja za dany miesiąc zmniejsza przychody podatkowe oraz VAT należny danego miesiąca, a wypłacona w dacie wypłaty zwiększa przychody oraz VAT należny. W jaki sposób i w jakiej dacie należy ująć nienależnie wypłaconą refundację w VAT? Czy będzie miała znaczenie data zapłaty noty przez aptekę? Do jednej z not obciążeniowych wystawiono notę uznaniową na taką samą kwotę. Czy należy wówczas wykazać to w VAT? W jaki sposób?