W jaki sposób gmina powinna obciążyć przedsiębiorcę kosztami sporządzenia studium?

Gmina wykonała obowiązek ujawnienia w studium uwarunkowania i kierunków zagospodarowania przestrzennego obszarów udokumentowanych złóż węglowodorów w terminie 6 miesięcy od dnia zatwierdzenia dokumentacji geologiczno-inwestycyjnej złoża węglowodorów przez właściwy organ administracji geologicznej. W związku z powyższym zgodnie z art. 95 ust. 3 ustawy z 09.06.2011 r. - Prawo geologiczne i górnicze (Dz.U. z 2016 r. poz.1131) koszty sporządzenia przez gminę studium ponosi przedsiębiorca (PGNiG), który sporządził dokumentację geologiczno-inwestycyjną złoża węglowodorów. Gmina poniosła koszty na podstawie zawartej umowy o dzieło z osoba fizyczną i umowy z osobą prowadzącą działalność gospodarczą. Zaplata nastąpiła na podstawie wystawionych rachunków (osoba prowadząca działalność nie jest podatnikiem VAT). W jaki sposób gmina powinna obciążyć przedsiębiorcę kosztami sporządzenia studium (nota, faktura, refaktura)? Czy będzie to czynność opodatkowana podatkiem VAT?