Kiedy spółka nie może wystawić faktur korygujących „zerujących” faktury zaliczkowe?

Od maja do grudnia 2020 roku nasza spółka wystawiała faktury zaliczkowe do płatności częściowych otrzymywanych od swojego kontrahenta. Ze względu na sytuację związaną z Covid usługa nie była jednak realizowana etapami, zgodnie z podpisaną przez obie strony umową na świadczenie usług i wystawianymi fakturami zaliczkowymi. Usługa została faktycznie wykonana w marcu 2021 roku i w tym samym czasie został podpisany protokół odbioru prac wykonanych przez naszą spółkę oraz podpisano aneks do umowy, zmieniający warunki (np. nie stosowanie kar umownych w związku z Covid i opóźnieniami w realizacji prac).

Czy na tej podstawie – brak wykonania usługi etapami – nasz spółka może wystawić faktury korygujące do faktur zaliczkowych i dokonać zwrotu płatności na konto kontrahenta, a następnie wystawić fakturę na pełną wartość zamówienia w marcu 2021 roku (zgodnie z protokołem)? Na jaki moment należałoby wtedy ująć faktury korygujące zaliczkę w VAT należnym?

Nasza spółka świadczy usługi programistyczne – sprzedaż aplikacji dla kontrahenta.