Kiedy powstaje obowiązek podatkowy w związku z zapłatą zaliczki na zakup nieruchomości?

Spółka z o.o. zamierza kupić nieruchomość. Umowa przedwstępna zawiera postanowienia, że nabywca zapłaci zaliczkę oraz, że sprzedawca jest podatnikiem VAT z tytułu sprzedaży nieruchomości. Sprzedawca nie zarejestrował się do VAT przed otrzymaniem zaliczki, tylko złożył VAT-R i wystawił fakturę po otrzymaniu zaliczki.

Czy taka sytuacji rodzi niebezpieczeństwo zakwestionowania przez US prawa od odliczenia VAT od faktury zaliczkowej ze względu na zgłoszenie się do VAT przez sprzedawcę po terminie?