Kiedy należy wystawić fakturę korygującą VAT?

Spółka polska wystawiła fakturę sprzedaży za usługi programistyczne dla spółki niemieckiej. Na dzień sprzedaży usługi spółka niemiecka nie posiadała numeru NIP i nie była zarejestrowana do podatku od wartości dodanej (nie widniała w VIES). Spółka Polska naliczyła podatek VAT w wysokości 23%. W związku z powyższym spółka niemiecka wystąpiła o zwrot podatku VAT (wniosek VAT RR) do Urzędu Skarbowego w Polsce. Urząd wydał decyzje negatywną dotyczącą zwrotu VAT dla spółki niemieckiej powołując się na artykuł 28a ustawy z 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2020 r. poz. 106).

Czy w związku z powyższym spółka Polska powinna wystawić fakturę korygującą podatek VAT?