Kiedy można dokonać potrącenia kwoty nadpłaconej wynikającej ze złożonej korekty deklaracji VAT?

Kiedy można dokonać potrącenia kwoty nadpłaconej wynikającej ze złożonej korekty deklaracji VAT? Sytuacja jest następująca: 25.07.2018 r złożyliśmy VAT-7 za 06/2018 r. z którego wynika kwota do zapłaty 38.000 zł. W tym samym terminie złożyliśmy korektę deklaracji VAT-7 za 03/2018 r. z której powstała niższa kwota do zapłaty o 12.000 zł. niż w pierwotnej deklaracji. Podatnik zapłacił w terminie (25.07.2018 r.) kwotę 26.000 zł. (38.000 - 12.000). Po kilku dniach podatnik otrzymał wezwanie (upomnienie) z urzędu skarbowego do zapłaty 12.000 zł. W wyjaśnieniu telefonicznym uzyskaliśmy odpowiedź, że " US podejmie w zakresie tej kwoty czynności sprawdzające i do momentu zakończenia tej procedury kwota należna do zapłaty za m-c 06/2018 r. wynosi 38.000 zł natomiast możliwość potrącenia kwoty 12.000 zł będzie możliwa po dokonaniu czynności sprawdzających". Jednocześnie US nie potrafi podać podstawy prawnej takiego obrotu sprawy tylko tłumaczy się instrukcjami izby skarbowej.

Czy takie działanie urzędu skarbowego jest prawidłowe i zgodne z ustawą?