Jeżeli nie jest możliwe wezwanie o usunięcie braków, w jaki sposób przeprowadzić postępowanie?

Inwestor złożył wniosek o ustalenie warunków zabudowy. Do wniosku nie załączył wymaganej decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach. W ocenie sądów brak decyzji środowiskowej nie jest brakiem formalnym w rozumieniu art. 64 § 2 ustawy z 14.06.1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz.U. z 2018 r. poz. 2096) - dalej k.p.a., a stanowi brak materialny, bez usunięcia którego nie jest możliwe ustalenie warunków zabudowy.

Jeżeli nie jest możliwe wezwanie o usunięcie braków, w jaki sposób przeprowadzić postępowanie?