Jakie skutki ma nadpłata na konto VAT?

Prowadzę biuro rachunkowe. Były klient zapłacił nam za zaległą fakturę w całości ze swojego konta VAT na nasze konto VAT, tj. wskazując jako kwotę VAT wartość brutto. Uważam, że jest to niezgodne z prawem.

Jakie konsekwencje grożą klientowi za wykonanie tej operacji w zakresie VAT?

Czy klient może potraktować u siebie tę fakturę jako zapłaconą i pozostawić w swoich rejestrach i w deklaracji VAT do odliczenia, czy też powinien po 90 dniach od terminu płatności potraktować ją jako niezapłaconą w części netto i wykazać jako odwrotność ulgi na złe długi?