Jakich zapisów dokonać na koncie podatnika po otrzymaniu deklaracji korygującej zobowiązanie w podatku od nieruchomości, w przypadku gdy organ się z nią nie zgadza?

Spółka złożyła korektę deklaracji na podatek od nieruchomości, w wyniku której podatek ulegnie pomniejszeniu. Wraz z korektą złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Organ podatkowy nie zgadza się z podatnikiem i jego korektą. Wobec spółki nie toczyło się żadne postępowanie podatkowe.

Jak organ podatkowy winien postąpić,,księgowo" ze złożoną korektą deklaracji, z którą się nie zgadza? Wprowadzić ją do ewidencji organu podatkowego (spowoduje to powstanie w ewidencji nadpłaty), a następnie wprowadzić decyzję organu podatkowego po zakończeniu postępowania podatkowego? Czy nie wprowadzać korekty (wtedy prawdopodobnie w ewidencji powstanie zaległość i odsetki za zwłokę) i dopiero na etapie wydanej przez organ podatkowy decyzji, dokonać zapisów w ewidencji organu podatkowego?

Dodam, że postępowanie podatkowe nie będzie szybko zakończone, ponieważ prawdopodobnie potrzebne będzie powołanie biegłego rzeczoznawcy i załączenia jego opinii.