Jaki jest najkorzystniejsza forma przekazania budynku spółce przez gminę?

Spółka z o.o. ze 100% udziałem skarbu gminy w roku 2004 wybudowała i oddała do używania budynek odpraw celnych, który był wybudowany ze środków własnych spółki (oraz z dotacji Ministerstwa Infrastruktury i Funduszu Schengen). Budynek został wybudowany na gruncie otrzymanym od gminy umową użyczenia (inwestycja w obcym środku trwałym). W roku 2011 spółka wystąpiła do gminy o przekazanie tego gruntu aportem. Zdaniem gminy spółka powinna przekazać budynek wartością netto (fakturę na gminę), a następnie gmina przekaże aportem na rzecz spółki grunt wraz z budynkiem.

Jak w tym przypadku rozliczyć zapłatę z faktury VAT wystawionej na gminę?

Zdaniem spółki gmina powinna przekazać aportem sam grunt, ponieważ budynek jest własnością spółki i na budowę jego spółka miała zgodę gminy.

Która z wyżej przedstawionych opcji jest prawidłowa i najkorzystniejsza dla spółki?