Jak zakwalifikować obciążenie kosztami modernizacji części posiadanej infrastruktury wynikającej ze sprzedaży innej części infrastruktury?

Spółka akcyjna będąca czynnym podatnikiem VAT zamierza sprzedać spółce z ograniczoną odpowiedzialnością, która jest jej podmiotem powiązanym działki/grunty zabudowane infrastrukturą kolejową (będące własnością S.A.). W związku z tym, że na terenie, który ma podlegać sprzedaży znajduje się tor kolejowy A, który S.A. używa w swojej działalności gospodarczej. W związku ze sprzedażą S.A. jest zmuszona dokonać modernizacji innych swoich torów (tory B i C), które nie znajdują się na sprzedawanym terenie, tak aby uzyskała alternatywną trasę kolejową do realizacji własnych potrzeb logistycznych. W związku z powyższym, kupujący zapłaci na rzecz S.A. odszkodowanie w kwocie odpowiadającej rzeczywiście poniesionym nakładom na modernizację torów B i C, jakich dokona S.A. Wszystkie tory są wykorzystywane do czynności opodatkowanych VAT.

Czy S.A. ma prawo do odliczenia VAT z faktur zakupowych związanych z modernizacją torów B i C?

Czy S.A. powinna wystawić notę księgową na to odszkodowanie, czy refakturę/fakturę VAT?