Jak zaksięgować niepełne wykonanie robót budowlanych?

W 2010 r. nasza spółka z o.o. zawarła umowę z podwykonawcą na wykonanie robót budowlanych na kwotę 1.200.000 zł z określonym terminem wykonania robót. W tym terminie wykonawca miał kłopoty z wykonaniem zadania i musieliśmy wynająć inne firmy do tego zadania (podwykonawca na piśmie został o tym powiadomiony). Nasza firma oddała wykonaną inwestycję bez usterek do inwestora. Wysłaliśmy naszemu podwykonawcy specyfikację poniesionych dodatkowo kosztów i poprosiliśmy o wystawienie prawidłowej faktury. Otrzymaliśmy informację, że faktura jest wystawiona na całość wykonanych prac i przysłano nam duplikat faktury. Zgodnie z podpisana umową wynagrodzenie zostanie dokonane na podstawie wystawionej faktury VAT wraz z zatwierdzonym protokołem odbioru robót (nikt z naszej firmy nie podpisywał tego dokumentu). Zażądaliśmy protokołu do faktury i korekty na niewykonane prace, jednak podwykonawca nie chce wystawić tych dokumentów. Zgodnie z zawartą umową w 2011 r. wystawiliśmy notę obciążeniową za opóźnienie realizacji przedmiotu budowy. Ponadto w tym roku podwykonawca ogłosił upadłość spółki.

Jak prawidłowo zaksięgować powyższe zdarzenia gospodarcze?