Jak wystawić prawidłowo fakturę wewnętrzną w przypadku niezawinionego braku towaru?

Jesteśmy spółką z o.o., importujemy towar, którego odprawa odbywa się w Hamburgu. W trakcie przyjęcia towaru do magazynu zostały stwierdzone braki.

Odprawa towaru odbyła się według faktury zakupu, nie występowaliśmy o korektę zgłoszenia celnego (z uwagi na koszt usługi agencji celnej wyższy od wartości cła zapłaconego od wartości braku towaru). Braki zostały stwierdzone podczas przyjęcia towaru do naszego magazynu. Nie jest nam znane miejsce powstania braku. Podjęliśmy działania zmierzające do wyjaśnienia sytuacji. Dostawca twierdzi, że wysłał towar zgodnie z fakturą, w związku z czym nie wystawi dokumentów korygujących dostawę. Spedytor natomiast twierdzi, że niczego nie zaniedbał, a kontener był zaplombowany.

W jaki sposób powinniśmy wystawić poprawnie fakturę wewnętrzną - od pełnej wartości faktury, czy tylko od ilości faktycznie stwierdzonej?

Jaką kwotę naliczonego VAT mamy prawo odliczyć w sytuacji, gdy nie wiemy kiedy powstał brak - czy na trasie Chiny-Hamburg, czy na trasie Hamburg-Olsztyn?

Jak rozliczyć VAT naliczony i należny w każdym z tych dwóch przypadków (w zależności od miejca powstania braku)?

Czy powinniśmy naliczyć VAT od całej ilości towaru (wg faktury zakupu) a odliczyć - tylko od ilości faktycznie przyjętej?

Jeśli brak powstał na trasie pomiędzy Hamburgiem a Olsztynem, to czy możemy odliczyć VAT w takiej samej kwocie jak naliczyliśmy VAT, czy tylko od wartości faktycznie przyjętej do magazynu?