Jak rozliczyć zawyżone faktury WNT?

Spółka otrzymuje od kontrahenta z UE faktury za towary, które są wykazywane w deklaracji VAT jako WNT. Spółka zauważyła, że kontrahent zawyża w górę wartości faktur wskazuje np. 1000 szt po 1,2 EUR/szt. i podaje ogólną kwotę 1250 EUR (a nie tak jak wynika z kalkulacji tj. 1200 EUR). Kontrahent twierdzi, że różnice wynikają z zaokrągleń, ponieważ w systemie ma ustawione ceny w kwocie do 5 miejsc po przecinku. Spółka księguje i płaci kwoty "zawyżone".

Czy w związku z tym istnieje ryzyko zakwestionowania przez organy podatkowe wartości WNT wykazanych przez spółkę?