Jak rozliczyć obniżkę czynszu w związku z nakładami na przebudowę wynajętego lokalu?

Spółka zawarła umowę na wynajem pomieszczeń magazynowych. Dla celów prowadzonej działalności spółka musiała przeprowadzić prace adaptacyjne tych pomieszczeń. W umowie zapisano więc uprawnienie najemcy do przeprowadzenia tych prac. Tylko na początkowym etapie realizacji umowy zapisano możliwość zwrotu poniesionych kosztów adaptacji o ile najemca nie z własnej winny będzie zmuszony odstąpić od umowy. W umowie zapisano także niższą kwotę czynszu do zapłaty przez pierwszy rok obowiązywania umowy (na poziomie 20% opłaty docelowej). W umowie nie znalazło się jednak jakiekolwiek uzasadnienie takiego rozłożenia w czasie opłat (że wynika ono z konieczności poniesienia przez najemcę kosztów adaptacji - zapewne było to przedmiotem negocjacji). Spółka zamierza koszty prac adaptacyjnych umarzać jako inwestycje w obcych środkach trwałych.

Czy amortyzacja powinna uwzględniać upust za pierwszy rok opłat czynszowych?

Z tytułu prac adaptacyjnych nie powstają żadne wzajemne rozliczenia. Korzystający z nieruchomość poniósł koszty adaptacji i nie ma z tego tytułu żadnych roszczeń wobec wynajmującego. Właściciel lokalu wystawia faktury za czynsz z uwzględnieniem niższej płatności za pierwszy rok. Uzasadnieniem (niezawartym w zapisach umowy) jest właśnie konieczność poniesienia nakładów.

Co w sytuacji gdy padnie pytanie z czego wynika ta niższa opłata za 1 rok (umowa dotyczy 10 lat) i z uzasadnienia będą wynikały prace adaptacyjne?

Czy wówczas będzie to traktowane jak nakłady zwrócone podatnikowi w jakiejkolwiek formie - bez możliwości odniesienia w tej części amortyzacji w koszty podatkowe?