Jak prawidłowo ustalić nadgodziny za czas pracy pracownika?

Pracownik zatrudniony jest na pół etatu w równoważnym systemie czasu pracy. Według harmonogramu w 08.2019 r. pracował w następujących dniach od godz. 20.00 do 08.00.: 01.08; 05.08; 09.08; 12.08; 14.08; 16.08; 18.08; 22.08; 28.08.; 30.08, a w dniach 24.08, 25.08 od godz 8.00 do 20.00. Pracownik razem wypracował 144 godziny. W umowie zawarte jest, że "praca ponad normy czasu pracy zawarte w art. 129 § 1 Kodeksu pracy". Kontrola PIP zakwestionowała zapis i nakazała wypłacić dodatek za nadgodziny. W regulaminie pracy jest zapis "w zamian za przepracowany ponad ustalony w umowie wymiar czasu pracy, pracownikowi przysługuje czas wolny lub dodatek za pracę w godzinach nadliczbowych wypłacany na zasadach określonych w Kodeksie pracy.")

Jak prawidłowo ustalić nadgodziny za czas pracy pracownika?