Jak prawidłowo uregulować zobowiązanie za usługę dla jednostki budżetowej?

Jednostka budżetowa zawarła umowę z wykonawcą na świadczenie usług. Ustalono kwartalną odpłatność w wysokości 900 zł. Wykonawca w listopadzie wystawił fakturę za dwa kwartały na kwotę 1800,01 zł. Przekroczenie zgodnie z umową wynosi 1 gr. Wykonawca usługi tłumaczył się, że inaczej nie może wystawić ww. fraktury, tak wystawia program.

Czy prawidłowo postąpiliśmy płacąc zgodnie z fakturą czyli 1800,01 zł? J

eśli nie, to co powinniśmy zrobić w takim przypadku?