Jak prawidłowo rozliczyć na gruncie VAT usługę budowlaną, która powinna być opodatkowana w procedurze odwrotnego obciążenia, jeśli w 2016 r. została z tego tytułu pobrana zaliczka?

Firma udzieliła w 2016 r. podwykonawcy zaliczki na usługi budowlane. Podwykonawca po otrzymaniu wpłaty wystawił fakturę zaliczkową. Zaliczka ma być rozliczana w kwocie 10% od każdej faktury przerobowej. Generalny wykonawca odliczył VAT naliczony od faktury zaliczkowej. W 2017 r. usługa, na którą została przekazana zaliczka została objęta mechanizmem odwrotnego obciążenia. Podwykonawca wystawił w 2017 r. fakturę częściową zgodnie z protokołem przerobowym, w której do kwoty protokołu stosuje odwrotne obciążenie ze stawką NP, natomiast w pozycji rozliczenie zaliczki rozlicza kwotę 10% przerobu wraz ze stawką VAT.

Czy tak wystawiona faktura jest prawidłowa?

Czy generalny wykonawca powinien naliczyć i odliczyć VAT od kwoty protokołu, czy od kwoty pomniejszonej o rozliczenie zaliczki?