Jak prawidłowo rozliczyć czas pracy, w sytuacji gdy większość działów firmy pracuje w systemie rotacyjnym?

Jak prawidłowo rozliczyć czas pracy, w sytuacji gdy większość działów (ale nie wszystkie) pracuje w systemie rotacyjnym - co drugi dzień (w związku z zagrożeniem COVID_19)? 

W zakładzie obowiązuje 3-miesięczny okres rozliczeniowy. Aktualny okres zakończy się z końcem czerwca, jednak stan epidemii zapewne nie pozwoli części załogi na wypracowanie pełnej normy czasu pracy. Związki zawodowe nie wyraziły zgody na połączenie II i III kwartału (celem odpracowania "niedoczasu" z II kwartału w III kwartale).

Czy pracownikom, którzy nie wypracowali pełnej normy, należy się pełne wynagrodzenie? To decyzją pracodawcy zostali zobligowani do pracy co drugi dzień.

Pojawiają się też roszczenia tych, którzy pełną normę zapewne wypracują. Jakie są w tej mierze uregulowania prawne?