Jak prawidłowo rozliczać na gruncie VAT koszty remontu przeprowadzonego w wynajmowanym lokalu, jeśli ponieśli je wspólnie obie strony umowy najmu?

Podatnik wyremontował wynajęte na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej pomieszczenie. W umowie najmu strony postanowiły podzielić się kosztami po połowie. Uzgodniły, że wynajmujący będzie pomniejszał miesięczny czynsz o 50% aż do osiągnięcia 50% wartości inwestycji. W wyniku kontroli urząd skarbowy zakwestionował ten sposób rozliczenia i stwierdził, że podatnik powinien wystawić refakturę na połowę wartości inwestycji. Następnie wydał decyzję ustalając zobowiązanie w VAT w wysokości połowy VAT z inwestycji. Urząd twierdzi, że podatnik nie może teraz wystawić faktury na zwrot nakładów dla wynajmującego gdyż okres, w którym powinna być wystawiona został objęty kontrolą i wydano decyzję.

Na podstawie jakiego dokumentu podatnik ma przenieść własność połowy nakładów inwestycyjnych na wynajmującego?