Jak prawidłowo naliczyć podstawę opodatkowania i należny VAT od środków trwałych pozostałych w ewidencji na dzień likwidacji?

Osoba fizyczna likwiduje prowadzoną przez siebie działalność gospodarczą. W ewidencji środków trwałych widnieje szereg nabytych przez nią ŚT. Głównie są to samochody ciężarowe, ciągniki, naczepy. Część z nich była zakupiona od osób fizycznych, na umowy kupna-sprzedaży, bez VAT. Jednak w trakcie eksploatacji były modernizowane i ich wartość początkowa ulegała zwiększaniu, a VAT z "faktur modernizacyjnych" był odliczany.

Jak prawidłowo naliczyć podstawę opodatkowania i należny VAT od środków trwałych pozostałych w ewidencji na dzień likwidacji?