Jak powinien postąpić organ podatkowy, gdy nie zgadza się z korektami podatnika?

Podatnik złożył deklarację wraz w wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty za 5 lat wstecz z uwagi na błędne deklarowanie do opodatkowania 5 działek. Organ w wyniku przeprowadzonego postępowania ustalił, iż za 4 działki był opłacany podatek podwójnie za 5 lat wstecz, a jedna działka stała się przedmiotem sporu.

Jak powinien postąpić organ podatkowy w takiej sytuacji, gdy nie zgadza się z korektami podatnika (z uwagi na to, że zdaniem organu za jedną działkę strona winna nadal opłacać podatek oraz zdaniem organu za tą działkę nie należy się nadpłata za 5 lat wstecz), organ nie zgadza się również do do wysokości nadpłaty określonej przez podatnika we wniosku o stwierdzenie nadpłaty?