Jak postąpić z VAT gdy została dokonana kompensata należności?

Firma X zajmująca się wynajmem nieruchomości posiada u swego odbiorcy należności na kwotę 5 milionów brutto (4,6 miliona netto - składa się na to 20 faktur). Kontrahent ten jednocześnie wystawił fakturę z tytułu prac konserwacyjnych na budynkach należących do firmy X fakturę na kwotę 3 miliony brutto (2,5 netto). Strony podjęły decyzję o kompensacie wartości 2,5 miliona (w umowie posiadam zapis, że strony kompensują 2,5 miliona netto).

Co w przypadku gdy dla należności w firmie X była zastosowana ulga na złe długi (faktury były "wycofane" z VAT należnego)?

Czy w takim przypadku powinnam rozliczyć proporcjonalnie VAT należny do tej kwoty i rozliczyć wartość faktur na kwotę 2,5 miliona brutto czy też w ogóle nie "przywracać" do VAT faktur podlegających kompensacie, ponieważ dokonali kompensatę tylko na wartości netto?