Jak postąpić w sytuacji, gdy pracownikowi wypłacono dwa wynagrodzenia w jednym miesiącu?

Wypłaciliśmy byłemu pracownikowi na początku marca wyrównanie pensji za luty. Nie naliczyliśmy w tej wypłacie kosztów uzyskania przychodu (mimo że koszty mogły zostać potrącone). Było to jedyne wynagrodzenie pracownika w marcu. Przygotowując w późniejszym terminie listę płac wynagrodzenia głównego za marzec program naliczył tej osobie koszty uzyskania przychodu i podatek w kwocie ujemnej (do zwrotu dla pracownika).

Czy w sytuacji, kiedy zaliczka nie została jeszcze przekazana do urzędu skarbowego możemy zwrócić pracownikowi kwotę podatku wcześniej pobraną od wyrównania?