Jak postąpić w 2017 r. z wystawionymi fakturami od września 2016 r. przy odmowie rejestracji Spółki z o. o. jako podatnika VAT czynnego?

Jak postąpić w 2017 r. z wystawionymi fakturami od września 2016 r. przy odmowie rejestracji spółki z o. o. jako podatnika VAT czynnego? W grudniu 2016 r. przyjęłam do obsługi spółkę zgłoszoną do VAT (w dokumentach potwierdzony VAT-R). Spółka dokonywała sprzedaży usług hydraulicznych, dokumentowanych fakturami VAT. Składane były deklaracje VAT-7. W styczniu zmieniła się właściwość urzędu skarbowego (złożono VAT-R aktualizacyjny) i nadal były składane miesięczne deklaracje VAT-7 i VAT-27 w związku z wykazaną sprzedażą odwrotne obciążenie. W czerwcu spółka została wezwana do wyjaśnienia, czemu składa deklaracje skoro nie jest podatnikiem VAT (nie poinformowano mnie o decyzji o odmowie rejestracji VAT z grudnia 2016 r.). Został złożony ponownie rejestracyjny VAT-R w lipcu 2017 r. Czekamy na rejestrację. Co powinnam zrobić z fakturami VAT z 2016 r., z fakturami odwrotne obciążenie z 2017 r. i co z deklaracjami? Jak je skorygować w związku z nowymi przepisami w VAT o statusie podatnika, co z odliczeniem podatku naliczonego za okres prowadzenia działalności bez rejestracji w 2016 i 2017 r.?