Jak poprawnie skorygować VAT, jeśli podatnik wystawił dwie faktury o tym samym numerze, ale innej wartości?

W maju magazyn wystawił fakturę na wartość brutto 772,64 zł i wysłał ją do klienta. Następnie wystawił fakturę o tym samym numerze, na taką samą ilość towaru, lecz na wyższą wartość i również wysłał ją do klienta. Klient w sierpniu odesłał drugą fakturę i poprosił o potwierdzenie księgowań. U nas została zaksięgowana faktura z wyższą wartością, czyli inna niż u klienta. Magazyn nie może już wystawić korekty (system nie wystawi).

Czy w tej sytuacji powinnam skorygować deklarację VAT?