Jak opodatkować sprzedaż nieruchomości wykorzystywanych w spółce cywilnej?

Podatnik jako osoba fizyczna wraz z małżonką kupił w 1987 r. nieruchomość zabudowaną budynkiem biurowym. Następnie w 1991 r. oraz 1992 r. dokupił kolejne działki wraz z kolejnymi budynkami biurowo-socjalnymi - wszystkie trzy działki maja obecnie jedna księgę wieczystą. W księgach widnieje wspólność majątkowa małżeńska. W 1990 r. małżonkowie założyli spółkę cywilną. Budynki wpisali do środków trwałych spółki i je amortyzowali - (według stawki 2,5% jak dla własnych środków trwałych), grunty nie zostały wpisane do ewidencji, nigdy na tą okoliczność nie została sporządzona umowa. W świetle przepisów małżonkowie nieprawnie amortyzowali w spółce cywilnej budynki biurowe. Małżonkowie chcą obecnie sprzedać wszystkie trzy działki wraz z położonymi na nich budynkami.

Czy w związku z ta transakcją powstanie u nich podatek dochodowy?