Jak opodatkować nieruchomość zabudowaną będącą w posiadaniu spółki z o.o., jeżeli spółka twierdzi, że nie użytkuje nieruchomości w działalności gospodarczej?

Sp. z o.o. posiada nieruchomość zabudowaną, na której nie prowadzi działalności gospodarczej. Jak opodatkować tę nieruchomość, jeżeli organ podatkowy ma wątpliwości co do sposobu jej użytkowania?