Jak należy zaksięgować wystawioną fakturę zaliczkową, która nie zostanie w całości zapłacona?

Wystawiliśmy fakturę zaliczkową na projekt, która została zapłacona w części. Już wiemy, że nie zostanie uregulowana do końca a projekt nie będzie skończony. Wiem, że nie mogę wystawić faktury korygującej, ponieważ kontrahent jest wykreślony z KRS i z VAT.

Jak należy rozliczyć taką fakturę, gdyż wisi ona na koncie 840 Zaliczka i na rozrachunku zaległość?