Jak należy skorygować omyłkowo wprowadzoną do ksiąg rachunkowych fakturę?

Spółka wystawiła swojemu kontrahentowi fakturę z kursem X, następnie wystawiła tą samą fakturę (po raz kolejny) z tym samym numerem faktury na kurs Y. Kontrahent rozpoznał fakturę z kursem Y (niewłaściwym) a spółka rozpoznała fakturę z kursem X. Klient zwraca się do spółki o korektę faktury z kursem Y (korekta kursu na fakturze).

Niezależnie od ryzyka podatkowego, jak należałoby rozwiązać tą sprawę?

Co należy zrobić aby zachować poprawność rozliczeń i rzetelny stan ksiąg w spółce?