Jak należy rozliczyć materiały zakupione częściowo przez oddział, a częściowo przez filię?

Jesteśmy instytucją gospodarki budżetowej, powstałą z przekształcenia gospodarstw pomocniczych, która posiada oddziały i filie. Posługujemy się jednym numerem NIP. Na podstawie cząstkowych wyników oddziałów i filii sporządzamy zbiorcze deklaracje CIT, PIT, PFRON i VAT, a także ZUS. Za usługi telekomunikacji, przesyłanie energii i inne zakupy np. artykułów biurowych, otrzymujemy jedną fakturę za całą firmę, czyli także za oddziały i filie, które płacą za nie proporcjonalnie do swojego udziału w całości zobowiązania. Zwracają również podatek od nieruchomości i środków transportu. Problem polega na sporządzeniu właściwych dokumentów i zaksięgowaniu ww. kosztów oraz podatku od towarów i usług w poszczególnych oddziałach i filiach. Dotyczy to także np. usługi remontu samochodu oddziału wykonanego przez pracowników filii z użyciem części przez nią zakupionych. Faktura wewnętrzna zawyży obroty.

Jak należy rozliczyć materiały zakupione częściowo przez oddział i filię?