Jak należy postąpić w przypadku, gdy podanie o wydanie zaświadczenia zawiera braki formalne?

Wnioskodawca, razem ze zgłoszeniem wodnoprawnym złożył też wniosek o wydanie zaświadczenia o niewniesieniu sprzeciwu do zgłoszenia wodnoprawnego. Zgłoszenie było niekompletne, więc organ wydał postanowienie o odmowie wydania zaświadczenie i wezwał wnioskodawcę do uzupełnienia wniosku. Inwestor uzupełnił zgłoszenie wodnoprawne o brakujące dokumenty i ponownie złożył wniosek o wydanie zaświadczenia o niewniesieniu sprzeciwu razem z opłatą skarbową, która była wniesiona przy pierwszym wniosku.

Czy w takiej sytuacji organ winien wezwać wnioskodawcę do ponownego złożenia opłaty skarbowej czy już złożona opłata skarbowa może przejść na poczet nowego wniosku skoro na tamten wniosek inwestor otrzymał odmowę?