Jak na gruncie VAT postąpić w sytuacji, gdzie planowany koszt przebudowy budynku przez spółdzielnię mieszkaniową przekroczył 30% wartości początkowej budynku, a spółdzielnia nie odliczyła podatku naliczonego?

Spółdzielnia mieszkaniowa przeprowadziła przebudowę lokali użytkowych usytuowanych na parterze wielolokalowego budynku mieszkalnego, przekształcając je w lokale mieszkalne celem zbycia w przetargu i ustanowienia nieruchomości lokalowych.

Wg założeń koszty przebudowy miały być niższe niż 30% wartości początkowej budynku. Dlatego w momencie otrzymania w roku 2019 i 2020 faktur od wykonawców inwestycji spółdzielnia nie odliczyła podatku naliczonego. Uważaliśmy, że przy zbywaniu lokali będziemy korzystać ze zwolnienia zgodnie z art. 43 ust.1 ustawy z 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2020 r. poz. 106 ze zm.).

Jednakże, jak często przy pracach budowlanych bywa - koszt przebudowy okazał się wyższy od zakładanego. Dodatkowo do wartości przebudowy zaliczyliśmy faktyczne koszty wynagrodzeń wraz z narzutami pracowników obsługujących inwestycję. Po zakończeniu zadania okazuje się, że na środku trwałym w budowie mamy kwotę przekraczającą 30% wartości początkowej budynku. Mam teraz problem jak powinnam postąpić. Rozumiem, że zgodnie z ustawą powinnam wystawić faktury ze stawką VAT 8% i odprowadzić podatek należny. Jednak nie skorzystałam z odliczenia podatku naliczonego, gdyż wg założeń nie miałam takiego prawa.

Jak postąpić w tej sytuacji?

Rozważam dwa rozwiązania problemu. W pierwszym przypadku, chcąc odliczyć naliczony VAT zastanawiam się nad złożeniem korekt plików JPK. Tu mam wątpliwość, czy mam korygować pliki za wszystkie miesiące, gdzie miałam prawo odliczyć podatek? Czy mam możliwość jednorazowej korekty? Nie ukrywam, że nie chciałabym ściągnąć sobie kontroli US, gdzie teraz wchodzą zadania bilansowe. Drugie rozwiązanie jakie rozważam to rezygnacja z odnoszenia w koszty inwestycji kwoty stanowiącej wynagrodzenia pracowników wykonujących prace na rzecz jej obsługi. Tak się składa, że bez tych kosztów wartość przebudowy będzie stanowić niecałe 30% wartości początkowej budynku i zbycie będzie zwolnione z podatku.