Czy zapłata za poniesione szkody wskutek anulowania zamówienia podlega VAT?

Zajmujemy się produkcją części i maszyn na podstawie zamówień od klientów. Otrzymaliśmy zamówienie od firmy szwajcarskiej na wykonanie maszyny. Niestety w trakcie, gdy pracę były częściowo wykonane kontrahent anulował zamówienie. Chcielibyśmy obciążyć go kosztami. Nie nastąpi jednak wysyłka części wykonanych do tej pory. Najprawdopodobniej zostaną one sprzedane jako złom. Nie posiadamy umowy z tym kontrahentem, opieramy się tylko na podstawie zamówień.

Czy właściwym będzie wystawienie noty obciążeniowej - transakcja nie podlega VAT?

Czy ma znaczenie fakt, że jest to nasza spółka matka?